Sekolah merupakan lembaga pendidikan yang berfungsi sebagai unit pelayanan tekhnis pendidikan formal, pada tingkat pendidikan menengah atas, perlu diperhatikan dan dikelola sebaik – baiknya agar semua sumber daya yang ada dapat dimanfaatkan secara optimal, kreatif dan inovatif untuk mencapai tujuan sekolah yang ideal.
Tujuan Pendidikan Nasional yang termuat dalam Undang-Undang Nomor : 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional dan Peraturan Pemerintah Nomor : 19 Tahun 2005 tentang Standar Pendidikan Nasional, dan memperhatikan pula tentang Rencana Strategis (Renstra) Pembangunan Pemerintah Daerah Provinsi Nusa Tenggara Timur yang menempatkan program pendidikan di urutan pertama. Dengan dasar regulasi – regulasi di atas, maka setiap lulusan SMANKO ( Sekolah Menengah Atas Negeri Keberbakatan Olahraga) Flobamorata Kupang, diharapkan menjadi manusia yang cerdas, berakhlak mulia, yaitu manusia yang beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, berbudi pekerti luhur, memiliki pengetahuan dan ketrampilan, serta sehat jasmani dan rohani. Disamping itu lulusan SMANKO diharapkan memiliki rasa tanggungjawab yang tinggi terhadap Nusa dan Bangsa.
Tujuan pembangunan sekolah yang diperuntukkan bagi anak didik yang mempunyai bakat khusus di bidang olahraga, dengan latar belakang pertimbangan sebagai berikut:
- Atlit di Nusa Tenggara Timur yang sebagian besar terdiri dari pelajar perlu mendapatkan perhatian, baik dibidang pembinaan prestasi maupun di bidang pendidikan/studi.
- Untuk mencapai prestasi olahraga optimal, baik nasional maupun internasional perlu diadakan latihan secara intensif dan sistematis, sedang untuk mencapai prestasi yang optimal / tinggi perlu diadakan lembaga pendidikan khusus untuk mengolah bakat olah raga.
- Untuk kepentingan pendidikan / studi perlu diciptakan suatu sistem, agar para atlit di Nusat Tenggara Timur tetap dapat menyelesaikan studinya disamping latihan olahraga yang harus dilakukan.
- Untuk mencapai tujuan di atas perlu dibangun sekolah yang mampu menyelenggarakan usaha peningkatan prestasi olahraga dan penyelesaian bidang studi
Dengan memperhatikan tujuan diatas diharapkan mampu mengakomodir berbagai kepentingan siswa yang ingin menyalurkan bakat dan minatnya dibidang olahraga agar mampu berprestasi disetiap even cabang olahraga nasional maupun internasional serta melanjutkan pada jenjang pendidikan yang lebih tinggi, maupun bagi siswa yang akan memasuki dunia pekerjaan.
